Ok. Have you verified that the UID and GID match what you have on your current installation?
In the shell, run stat on the file (and its directory) you are trying to open. The id command will give you your UID and the GID of the groups you belong to.
		
		
	 
stat for dir/mencoder on the SSD (working) - the names in english are from top to bottom: file, size, device, access, access, modified, changed, birth (wtf?)
  Datei: „mencoder“
  Größe: 23458614  	Blöcke: 45824      EA Block: 4096   reguläre Datei
Gerät: 801h/2049d	Inode: 8259154     Verknüpfungen: 1
Zugriff: (0755/-rwxr-xr-x)  Uid: ( 1000/lancelot)   Gid: ( 1000/lancelot)
Zugriff    : 2013-09-29 21:04:27.743090353 +0200
Modifiziert: 2013-02-15 00:48:46.000000000 +0100
Geändert   : 2013-09-29 21:03:43.303416359 +0200
 Geburt    : -
  Datei: „ums-3.0.0-a5/“
  Größe: 4096      	Blöcke: 8          EA Block: 4096   Verzeichnis
Gerät: 801h/2049d	Inode: 8259150     Verknüpfungen: 5
Zugriff: (0755/drwxr-xr-x)  Uid: ( 1000/lancelot)   Gid: ( 1000/lancelot)
Zugriff    : 2013-09-29 21:03:57.603295777 +0200
Modifiziert: 2013-09-28 18:23:13.000000000 +0200
Geändert   : 2013-09-29 21:03:44.487405796 +0200
 Geburt    : -
stat command for mencoder/dir on the HDD (not working):
  Datei: „mencoder“
  Größe: 23458614  	Blöcke: 45824      EA Block: 4096   reguläre Datei
Gerät: 811h/2065d	Inode: 11796521    Verknüpfungen: 1
Zugriff: (0755/-rwxr-xr-x)  Uid: ( 1000/lancelot)   Gid: ( 1000/lancelot)
Zugriff    : 2013-09-29 21:00:25.234873794 +0200
Modifiziert: 2013-02-15 00:48:46.000000000 +0100
Geändert   : 2013-09-29 21:00:24.730857792 +0200
 Geburt    : -
  Datei: „ums-3.0.0-a5/“
  Größe: 4096      	Blöcke: 8          EA Block: 4096   Verzeichnis
Gerät: 811h/2065d	Inode: 11796518    Verknüpfungen: 5
Zugriff: (0755/drwxr-xr-x)  Uid: ( 1000/lancelot)   Gid: ( 1000/lancelot)
Zugriff    : 2013-09-29 21:00:34.643176311 +0200
Modifiziert: 2013-09-28 18:23:13.294131131 +0200
Geändert   : 2013-09-29 21:00:11.314429245 +0200
 Geburt    : -
So it is the same for both it seems.
My "id":
uid=1000(lancelot) gid=1000(lancelot) Gruppen=1000(lancelot),20(dialout),21(fax),24(cdrom),25(floppy),26(tape),27(sudo),29(audio),30(dip),44(video),46(plugdev),103(fuse),107(lpadmin),108(scanner),111(bluetooth),112(netdev)